علی مطهری گفت که نظر موسسه تنظیم و نشر در اصالت نامه دو امام خمینی در خصوص نهضت آزادی و نیز عزل آیت الله منتظری را می پذیرد.
علی مطهری در توضیحاتی که برای جماران ارسال شده است، آورده: در پاسخ آن پایگاه اطلاع رسانی به اظهارنظر اینجانب درباره دو نامه منسوب به امام خمینی(ره) در خصوص نهضت آزادی و مرحوم آیت الله منتظری، یکی روی این نکته تأکید شده بود که امام (ره) از فروردین 1367 تا خرداد 1368 در سلامت بودند. این درحالی است که اینجانب در مصاحبه با خبر آنلاین گفته بودم «امام از فروردین 1368 در حال بیماری بودند» نه از فروردین 1367، و اشتباه ظاهراً از خبرنگار خبرآنلاین بوده است.
دیگر اینکه در جوابیه «جماران»، برای این مطلب که آن دو نامه به خط امام خمینی است دلایلی ذکر شده بود، در حالی که تأکید اصلی من روی دستخط نبود بلکه روی این مطلب بود که محتوای این دو نامه با سیره و شخصیت امام خمینی چندان سازگار نیست. نامه نهضت آزادی در پاسخ به وزیر کشور وقت در زمانی صادر شده که آن نهضت با ادامه جنگ مخالفت می کرد و به نوعی پشت جبهه تضعیف می شد و امام (ره) از دست آنها ناراحت بودند و حکم به منع ورود آنها در قوای سه گانه صادر و آنها را از حقوق اجتماعی‌شان محروم نمودند، که البته این می تواند یک امر موقت بوده باشد، و نامه 6/1/1368 مربوط به آیت الله منتظری نیز در شرایط سخت روحی و جسمی امام عزیز صادر شده و شامل تعابیر تندی است. لذا این دو نامه با ادبیات امام اندکی فاصله دارد و ما نباید زیاد روی آنها تکیه کنیم.
در واقع حرف من این بود که ای کاش این دو نامه از امام خمینی نمی بود و جعلی بود ولی اکنون که موسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی آن را اصیل می داند ما نیز می پذیریم ولی معتقدیم باید محتوای این دو نامه را با توجه به شرایط زمان نگارش آن در نظر گرفت و مثلا در مورد حکم نهضت آزادی آن را موقت تلقی کرد نه دائمی، تا ساحت آن بزرگمرد از هر شائبه‌ای پاک بماند. وقتی برای درک مقصود حدیث معصوم توجه به شرایط زمان و مکان و سئوال کننده را لازم می شماریم چرا در این موارد به این عناصر توجه نداشته باشیم.
مردک بجای این حرفها به فکر تصویب قانونی برای معیشت مردم باش..بعد از گذشت 30 سال زدن این حرفها ه سودی برای مردم دارد به جز اینکه حاصلش فقط تفرقه افکنی است ..اگر شهید مطهری زنده بود از داشتن فرزندی چون تو تاسف می خورد